Riset Utama yang diselenggarakan Puslitbang SD-Yankes ada dua yaitu:
Riset Program Indonesia Sehat dengan Pendekatan Keluarga (PIS-PK) yang diketuai oleh dr. Eva Sulistiowati, M. Biomed dengan judul “Riset Implementasi Permenkes RI No. 39 Tahun 2016 tentang Program Indonesia Sehat dengan Pendekatan Keluarga (PIS-PK) di beberapa Puskesmas di Indonesia Tahun 2018”
Riset Nusantara Sehat yang diketuai oleh Dr. Lukman Waris yang berjudul “Riset Evaluasi Teambased Nusantara Sehat 2018 (Evaluasi Sustainabilitas)“
